Die Organe der Genossenschaft sind der Vorstand, der Aufsichtsrat und die Generalversammlung aller Mitglieder. 

Der Vorstand der BEGeno besteht derzeit aus zwei ehrenamtlichen Mitgliedern und einen hauptamtlichen Geschäftsleiter. Der Vorstand übernimmt eigenverantwortlich die Geschäftsführung und berichtet an den Aufsichtsrat. 

Der Aufsichtsrat besteht derzeit aus 14 ehrenamtlichen Mitgliedern. Sie kontrollieren die Geschäftstätigkeit des Vorstands und unterstützen ihn in der Erreichung der vereinbarten Ziele.

Wichtigstes Gremium ist die Generalversammlung, die mindestens einmal jährlich durchgeführt wird und die grundlegende Entscheidungen gemeinsam mit allen Mitgliedern der Genossenschaft demokratisch fasst.